Résumé : Par le passé, le loup a été quasiment éradiqué en Europe avant d'être protégé. Aujourd'hui, son retour est amorcé depuis l'Italie et une recolonisation des Pyrénées est imminente. Les attaques de troupeaux sont souvent imputées au loup malgré leur faible effectif comparé aux chiens. Une distinction efficace de ces espèces est nécessaire du fait des conséquences légales différentes de leur prédation. La distinction morphologique a des limites alors que les approches génétiques sont objectives et irréfutables. La réserve Naturelle de Nothèdes, souhaitait la mise au point d'une méthode de différenciation génétique entre chien et loup à partir des matières fécales, indice de présence trés couramment trouvé sur les sites potentiels d'occupation. J'ai donc élaboré une méthode d'extraction de l'ADN mitochondrial à partir des fèces de canidés, et d'analyse des différences nucléotidiques, permettant de ditinguer les deux espèces et l'origine géographique du loup.